Santa Maria a Poneta , col suo borgo rurale , è il classico tipo di chiesa di campagna ad uso della popolazione locale , e racchiude in sé una affascinante storia millenaria.
Situata su di una diramazione della via che da Firenze portava a Volterra , e prossima al fondovalle dove passava la via Francigena , ci fa supporre che in periodo altomedioevale , la chiesa possa anche aver svolto la funzione di ospitalità per i molti viandanti e pellegrini.
Gli studiosi collocano la costruzione dell’impianto primitivo nel periodo compreso fra la fine del X secolo e quello successivo anche se le prime notizie certe della chiesa “de Pinita “ risalgono al XII secolo quando , oltre a sapere quali fossero i nomi dei suoi rettori , il 15 agosto 1260 , Goto Graziani , a nome del suo popolo,promette 12 staia di grano all’esercito Fiorentino in partenza per Montalcino. Nelle rationes decimarum Pontificie del 1276, del 1296, del 1302, il contributo dato dal “popolo de Sancte Marie de Pineta “ammonta a tre lire e due soldi.
Di proprietà del Comune di Linari fino dal 1352 , passa nel XV secolo sotto il patronato della famiglia fiorentina de Nobili. Come si vede dalle piante dei Capitani di Parte Guelfa , Antonio de Nobili possedeva in quel periodo tutti i terreni circostanti nonché il piccolo borgo poco distante “nominato Poneta”; molto probabilmente si deve a lui la costruzione della nuova casa canonica e l’apposizione dello stemma con l’arme de Nobili sulla facciata della chiesa .
Il 22 novembre 1746 , la visita pastorale documenta che “..la Chiesa è ridotta in buona forma ,con le mura in parte nuovamente erette e con due nuovi altari di stucco.”. I restauri sono di gusto barocco secondo la moda del periodo , ma tutti i nuovi edifici rurali che vi vengono costruiti attorno mantengono il rigore della tradizione Toscana .

Tutti questi lavori di rinnovamento trovano la loro motivazione nel fatto che , la vicina Tenuta di Poppiano è divenuta una delle mete preferite , per le battute di caccia al cinghiale , dei nuovi Granduchi di Toscana,e soprattutto lo sarà per Leopoldo d’Asburgo Lorena dal 1765 al 1790 ; come ci raccontano le cronache “il seguito e buona parte della Corte si fermavano presso l’albergaccio di Poneta ,dove si potevano cambiare i cavalli e soprattutto degustare buoni bicchieri di vino rosso “. Una persistente mancanza di parrocchiani fa si che tutto il complesso subisca un progressivo degrado ; nel 1878 viene fatta la cisterna per la raccolta delle acque e viene costruito il vicino fienile. Un meritorio intervento operato nel 1929 elimina tutti gli intonaci settecenteschi , riportando alla luce il paramento murario d’epoca Romanica in filaretti di arenaria e questo è l’ultimo fino al 1986 , anno in cui la chiesa viene definitivamente annessa a quella di Sant’Andrea a Vico . L’importanza e la rilevanza storica dell’edificio fanno si che sull’intero complesso venga iscritto il vincolo della legge 1089 del 1939 che tutela i beni architettonici . La nuova proprietà , subentrata alla Curia Fiorentina nel 1993, ha operato un completo restauro riportando in vita l’antico borgo e creando uno dei più rinomati Country house della zona.